1956年6月，在政协全国一届二次会议上，马叙伦向毛泽东汇报工作。
1915年，袁世凯冒天下之大不韪称帝，马叙伦先是在香港的报纸上发表讨袁檄文，声援蔡锷的云南“护国军”，而后为表抗议宣布辞去北京大学的教职，一时有“挂冠教授”的美誉。南归上海后，靠朋友接济和典当衣物度日。
1917年春节刚过，马叙伦应蔡元培邀请，又回北京大学任教授。国民党“一大”期间，无产阶级的革命导师列宁逝世。北京学生联合会、马克思学说研究会等进步团体在北京举行遥祭大会。马叙伦应邀致悼词，他沉痛指出：“列宁为全世界劳动领袖，全世界平民革命的首领，全世界弱小民族的提携者，马克思学说的大师。”在当时国内对列宁普遍缺乏认识的时候，显示出他卓越的见识。
1920年1月的一个傍晚，马叙伦得到军阀政府要在当夜逮捕陈独秀的消息，焦急万分。当时，陈独秀住在东城的刘叔雅家，马叙伦的住所离那里有十五六里之遥。为避开监视，他打电话给住在刘家附近的沈士远教授，不直接说出名字，只称：“告前文科学长速离叔雅所。”陈独秀得此报告，遂连夜躲避。翌日晨，在李大钊伴同下，陈独秀化装乘骡车离开北京，在路上又商定了建党之事。
20世纪30年代中期，面对民族危急，马叙伦发起成立了“北平文化界抗日救国会”，自己出任主席。他得知中国共产党提出抗日民族统一战线政策,便亲自赶到成都游说四川最大的军阀刘湘，把自己秘密得到的《何梅协定》抄件交给他看，说明国家面临被日本侵吞的燃眉之急，不可再打内战。刘湘经此劝说，在红军离川北上陕甘后果然提出联共主张，并支持张学良、杨虎城逼蒋抗日，为促成全国团结抗战局面的形成做了有益的事。
1937年秋，上海被日军占领后，陷于此的马叙伦悲愤不已，遂蓄须明志，不仕日伪。同年末，日伪教育总长汤尔和派说客拿着亲笔信请他出山担任北大校长，马叙伦严词拒绝，并反劝汤尔和要保持晚节。1940年，他曾经的学生、后投靠汪伪政权的二号人物陈公博得知马叙伦生活困顿，邀他出任伪职并派人送来大米和钱，马叙伦马上出门怒斥，制止卸车，将大米和钱如数退回。他对来人说：“请你回报‘市长’，盛情已领，大米不能收！”来人走后，马叙伦高吟“众人皆浊我独清，众人皆醉我独醒”以自励。
抗战胜利后，马叙伦渴望国家能从此一改旧观，走上正道。但是，国民党的所作所为使他大为失望。他从共产党提出的和平、民主、团结的建国方针中看到了中国的希望。在花甲之年，他积极投身于中国共产党领导的在上海的爱国民主运动，在《周报》《民主》《文萃》《文汇报》等进步刊物上发表大量文章，揭露蒋介石反民主、反和平的罪行，拥护和宣传中共和平、民主、团结的建国方针，并通过各种集会发表演说，同各界人士加强联系。
1945年12月30日，在中国共产党的支持帮助下，马叙伦与王绍鏊、许广平、周建人、赵朴初等文教和工商界的进步人士，在上海发起成立了中国民主促进会，并当选为常务理事。
1946年5月5日，在中共地下组织的支持下，民进同上海53个人民团体组成“上海人民团体联合会”，马叙伦任常务理事。同年6月23日，马叙伦作为上海人民和平请愿团团长，赴南京呼吁和平。代表团到下关时，遭国民党暴徒殴打，他受了重伤，这就是震惊中外的“下关事件”。延安《解放日报》发表题为《南京惨案》的社论。毛泽东和朱德从延安发来了慰问电，周恩来在军调三人小组会议上正式向国民党当局提出严重抗议。全国范围内，迅速掀起了一个反对内战、反对专制的爱国民主运动高潮。
“下关事件”用鲜血教育了人民，而中国共产党的热情关怀和全国人民的巨大声援，使马叙伦更进一步认识到，人民是推进历史的动力，共产党才是中国真正的希望所在。躺在病床上的他，紧紧握住周恩来的手说：“中国的希望只能寄托在你们身上，我过去总劝你们少要一些兵，少要些枪支弹药，看来你们的战士不能少一个，枪不能少一支，子弹不能少一粒。”
随着内战爆发，国民党政府疯狂镇压各地爱国民主运动，封闭民主报刊，迫害残杀爱国民主人士。马叙伦愤慨万分，临危不惧，申言“民主是封禁不了的”，“革命者是杀不完的”，“我自然预备着接受一颗子弹，但是我也预备送还他一颗原子弹！”
1947年底，国民党加紧迫害民主进步人士。中共决定掩护一批民主人士从上海转移到香港。在周恩来亲自指示下，上海地下党对马叙伦转移经过的路线、船只、时间、护送人员等都做了周密布置，费尽周折避开特务监视，将他送上一艘德国货轮。站立船头，马叙伦坚定地说：“天快亮了！”
1948年，在解放战争迅速发展的形势下，中共中央发布“五一口号”，在香港的各民主党派、无党派民主人士立即通电响应。马叙伦写了《读了中共“五一口号”以后》，表达自己对即将到来的人民的胜利由衷喜悦。
新中国成立后，马叙伦先后出任首任教育部部长和高等教育部部长。他将这一任命看作是党和人民对他的极大信任与重托，为发展人民教育、提高学生健康水平、提高全民族文化素质而鞠躬尽瘁。
1970年5月4日，马叙伦病逝，享年85岁。在他逝世后，中国共产党给予了他高度的评价。